ビーストウォーズの勝利により、セイバートロン星に帰還したサイバトロン。
しかし、コンボイ・ラットル・チータス・ブラックウィドーの4名は到着前後の記憶を喪失。
肉体は謎のウイルスに侵され、初期のビーストモードのままロボットモードへの変形は不可能かつ機能停止寸前という危険な状態だった。
その上、トランスフォーマーらしき集団に襲われ、わけもわからず逃走を続けていた。
その途中で、謎の啓示を受け、セイバートロン星地下深くに逃げ込んだコンボイたちは、そこで原初のトランスフォーマーの創造主であるオラクルと邂逅、彼からリフォーマットを受け、機械と生物の融合体「テクノオーガニックボディ」へと生まれ変わった。
自分達とセイバートロン星に何が起こったのかを突き止める為、追って来た謎のトランスフォーマー集団を撃退し、議会場に辿り着いたサイバトロン。
しかし、そこにいたのは既にセイバートロン星を支配したメガトロンだった。
彼はビーストウォーズの教訓から、恒久の平和には個人の自由意志、即ちスパークは不要として、自身を頭脳としたセイバートロン星そのものを単一の完全な機械惑星へと進化させようとする。
コンボイは自由意志の無い平和は偽りとして否定する。
ここにセイバートロン星の未来をかけたコンボイ率いる「サイバトロン」とメガトロン率いる「ヴィーコン」との最後の戦いが始まった。